Tüm devlet üniversitelerinde üniversite konseyleri oluşturulacak. Üst yönetim konsey ile rektörden oluşacak, konsey üniversiteye destek olan, hizmet eden, toplumla üniversite arasında köprü kurabilecek kişiler arasından atanacak. 

Rektör dahil tüm atamalarda üniversitelerin misyon ve hedeflerine uygun olarak yürütülmesi için paydaş görüşlerinin alınması, temel prensiplerden biri olacak. 

Yükseköğretimde çeşitlenen öğrenci profiline uygun talepleri karşılayabilecek, sosyal ve ekonomik gelişime katkı sağlayabilecek, piyasaların çeşitlenen iş gücüne cevap verebilecek, istihdamı arttırabilecek, artan rekabete uyum sağlayabilecek bir üniversite hedef olacak. 

Hürriyet'ten Erdinç Çelikkan'ın haberine göre, bu kapsamda üniversiteler ‘devlet’, ‘vakıf’ ve ‘özel’ misyonlarına göre konumlandırılacak ve ‘tematik’, ‘sınırlı alanda uzmanlaşmış’ ya da ‘çok yönlü üniversite’ olarak yeniden yapılandırılacak.

Meslek yüksekokullarının her bölgede kurulacak olan ‘Bölgesel Mesleki Eğitim Üniversiteleri’ne bağlanması öngörülüyor. Her bir ön lisans programının en az bir sektörel destekçisi olması benimsenecek.